Thanh tra, kiểm tra thuế: quyền và nghĩa vụ của doanh nghiệp

Khái quát về thanh tra, kiểm tra thuế đối với doanh nghiệp

Thanh tra, kiểm tra thuế là hai hình thức quản lý thuế có mục tiêu chung là đánh giá tính đầy đủ, chính xác và trung thực của việc kê khai, nộp thuế, đồng thời phát hiện, xử lý hành vi vi phạm pháp luật thuế. Theo khoản 1 Điều 107 Luật Quản lý thuế 2019, hoạt động kiểm tra thuế được thực hiện tại cơ quan quản lý thuế hoặc tại trụ sở người nộp thuế trong phạm vi do pháp luật quy định. Thanh tra thuế được thiết kế theo tính chất chặt chẽ hơn, gắn với các trường hợp cần kiểm tra sâu, xác minh kỹ và lập kết luận thanh tra theo trình tự pháp luật.

Về mặt quản trị tuân thủ, cơ chế này không chỉ nhằm xử lý vi phạm mà còn tạo áp lực để doanh nghiệp hoàn thiện hệ thống kế toán, hóa đơn, chứng từ, quản trị rủi ro thuế và lưu trữ hồ sơ. Trong thực tiễn, việc bị kiểm tra hoặc thanh tra không đồng nghĩa doanh nghiệp có vi phạm; ngược lại, đây là công cụ sàng lọc rủi ro trong quản lý thuế. Tuy nhiên, doanh nghiệp phải chuẩn bị sẵn sàng về hồ sơ, nhân sự và quy trình giải trình để bảo đảm quyền lợi hợp pháp của mình.

Căn cứ pháp lý và trường hợp doanh nghiệp bị thanh tra, kiểm tra

Trường hợp thanh tra thuế được xác định theo Điều 113 Luật Quản lý thuế 2019. Theo khoản 1 Điều 113 Luật Quản lý thuế 2019, thanh tra thuế được thực hiện khi có dấu hiệu vi phạm pháp luật về thuế; để giải quyết khiếu nại, tố cáo hoặc thực hiện biện pháp phòng, chống tham nhũng; theo yêu cầu quản lý thuế trên cơ sở phân loại rủi ro; hoặc theo kiến nghị của Kiểm toán nhà nước, kết luận của cơ quan thanh tra nhà nước và cơ quan có thẩm quyền khác.

Đối với kiểm tra thuế, pháp luật cho phép thực hiện rộng hơn, bao gồm kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế, tại trụ sở người nộp thuế hoặc theo chuyên đề, theo hồ sơ, theo dấu hiệu rủi ro. Điều 110 Luật Quản lý thuế 2019 là căn cứ quan trọng về kiểm tra hồ sơ khai thuế tại cơ quan thuế; trong khi các nội dung về kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế được điều chỉnh bởi các quy định liên quan của Luật Quản lý thuế 2019 và văn bản hướng dẫn thi hành. Doanh nghiệp vì vậy cần phân biệt rõ yêu cầu “kiểm tra hồ sơ” với “kiểm tra tại doanh nghiệp” và với “thanh tra thuế” để xác định đúng phạm vi hợp tác.

Pháp luật hiện hành cũng ghi nhận nguyên tắc quản lý rủi ro trong lựa chọn đối tượng kiểm tra, thanh tra. Theo khoản 1 Điều 110 Luật Quản lý thuế 2019, cơ quan quản lý thuế thực hiện kiểm tra hồ sơ hoàn thuế trước, kiểm tra sau theo nguyên tắc rủi ro và trong thời hạn luật định. Điều này thể hiện xu hướng chọn lọc đối tượng có trọng tâm, tránh kiểm tra tràn lan, đồng thời đặt doanh nghiệp vào nghĩa vụ duy trì mức độ tuân thủ cao và nhất quán.

Quyền của doanh nghiệp khi làm việc với cơ quan thuế

Doanh nghiệp có quyền được thông báo rõ về căn cứ pháp lý, nội dung, phạm vi và thời hạn của quyết định kiểm tra hoặc thanh tra. Quyền này có ý nghĩa đặc biệt quan trọng vì giúp doanh nghiệp xác định đúng tài liệu phải chuẩn bị, đầu mối làm việc và phạm vi giải trình. Khi quyết định không rõ ràng hoặc vượt phạm vi, doanh nghiệp có cơ sở yêu cầu làm rõ, ghi nhận ý kiến vào biên bản và thực hiện quyền khiếu nại theo trình tự luật định.

Doanh nghiệp có quyền cung cấp chứng cứ, trình bày ý kiến, giải trình bằng văn bản và đề nghị ghi nhận đầy đủ nội dung giải trình vào biên bản làm việc. Trong quá trình làm việc, doanh nghiệp cũng có quyền yêu cầu cán bộ thuế xuất trình thẻ, quyết định kiểm tra hoặc thanh tra, bảo đảm đúng thẩm quyền và đúng trình tự. Quyền này giúp ngăn ngừa việc thu thập thông tin ngoài phạm vi hoặc áp dụng biện pháp nghiệp vụ không phù hợp.

Doanh nghiệp còn có quyền bảo vệ bí mật kinh doanh, bí mật công nghệ và dữ liệu nội bộ trong giới hạn pháp luật cho phép. Việc cung cấp tài liệu cho cơ quan thuế phải phục vụ mục đích quản lý thuế, không làm phát sinh nghĩa vụ công bố rộng hơn ngoài yêu cầu pháp luật. Khi có dấu hiệu xử lý chưa chính xác về số thuế, tiền phạt hoặc biện pháp khắc phục hậu quả, doanh nghiệp được thực hiện quyền khiếu nại, khởi kiện theo quy định của pháp luật về khiếu nại, tố cáo và tố tụng hành chính.

Nghĩa vụ trọng tâm của doanh nghiệp trong thanh tra, kiểm tra thuế

Nghĩa vụ cốt lõi của doanh nghiệp là chấp hành quyết định kiểm tra, thanh tra thuế, phối hợp làm việc đúng thời gian, địa điểm và yêu cầu hợp pháp của đoàn kiểm tra, đoàn thanh tra. Theo khoản 1 Điều 16 Luật Quản lý thuế 2019, người nộp thuế có nghĩa vụ nộp hồ sơ khai thuế đúng thời hạn, đầy đủ, chính xác; nộp tiền thuế đúng thời hạn; và chịu trách nhiệm trước pháp luật về tính chính xác, trung thực của hồ sơ thuế. Khi bị kiểm tra, nghĩa vụ này tiếp tục được cụ thể hóa bằng yêu cầu xuất trình sổ sách, chứng từ, hóa đơn, dữ liệu kế toán và tài liệu liên quan.

Doanh nghiệp phải bố trí người đại diện hoặc bộ phận phụ trách có thẩm quyền giải trình, ký biên bản và tiếp nhận thông báo, yêu cầu của cơ quan thuế. Nếu không hợp tác, che giấu thông tin, hủy tài liệu hoặc cung cấp tài liệu sai lệch, doanh nghiệp có thể bị xử phạt vi phạm hành chính về thuế và kế toán, đồng thời làm tăng rủi ro bị ấn định thuế hoặc chuyển sang giai đoạn xử lý nghiêm khắc hơn. Nghĩa vụ hợp tác vì vậy không chỉ là yêu cầu hành chính mà còn là điều kiện bảo vệ lợi ích của chính doanh nghiệp.

Doanh nghiệp cũng có nghĩa vụ thực hiện đầy đủ kết luận và quyết định xử lý sau thanh tra, kiểm tra khi quyết định đó có hiệu lực. Việc chấp hành bao gồm nộp bổ sung tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt và khắc phục hậu quả nếu có. Trong trường hợp còn ý kiến khác nhau, doanh nghiệp phải sử dụng đúng cơ chế khiếu nại hoặc khởi kiện thay vì trì hoãn việc thực hiện nghĩa vụ đã được xác định hợp pháp.

Trình tự làm việc và những điểm doanh nghiệp cần chuẩn bị

Khi nhận quyết định kiểm tra hoặc thanh tra, doanh nghiệp cần rà soát ngay phạm vi, thời kỳ thuế, nội dung yêu cầu và thời hạn thực hiện. Đây là bước quan trọng để phân công bộ phận phụ trách thuế, kế toán, pháp chế và lưu trữ tài liệu. Doanh nghiệp nên chuẩn hóa bộ hồ sơ gồm tờ khai thuế, báo cáo tài chính, sổ kế toán, hóa đơn đầu vào - đầu ra, hợp đồng, chứng từ thanh toán, bảng lương và hồ sơ liên quan đến giao dịch có rủi ro thuế.

Trong quá trình làm việc, mọi giải trình cần thống nhất giữa dữ liệu kế toán và dữ liệu thuế. Các điểm thường bị xem xét gồm doanh thu ghi nhận, chi phí được trừ, khấu trừ thuế giá trị gia tăng, giao dịch liên kết, chuyển nhượng vốn, hoàn thuế và chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt. Doanh nghiệp nên kiểm tra tính nhất quán của hồ sơ trước khi cung cấp để hạn chế mâu thuẫn giữa các tài liệu.

Sau khi lập biên bản, doanh nghiệp cần đọc kỹ toàn bộ nội dung, đối chiếu số liệu và ghi ý kiến bảo lưu nếu cần thiết. Biên bản là căn cứ quan trọng để cơ quan thuế ban hành kết luận, nên mọi sai khác về diễn giải hoặc số học cần được phản ánh ngay tại thời điểm ký. Trường hợp phát hiện nội dung chưa chính xác sau đó, doanh nghiệp phải nhanh chóng sử dụng quyền giải trình, bổ sung chứng cứ hoặc khiếu nại trong thời hạn luật định.

Hậu quả pháp lý khi không tuân thủ yêu cầu của cơ quan thuế

Không tuân thủ yêu cầu hợp pháp của cơ quan thuế có thể dẫn đến xử phạt hành chính, ấn định thuế, truy thu thuế và tính tiền chậm nộp theo quy định của pháp luật thuế và pháp luật xử lý vi phạm hành chính. Nếu hành vi có dấu hiệu trốn thuế, gian lận thuế hoặc cản trở hoạt động kiểm tra, thanh tra, doanh nghiệp và cá nhân liên quan có thể phải chịu trách nhiệm nặng hơn theo quy định tương ứng. Hệ quả pháp lý không chỉ tác động đến số thuế phải nộp mà còn ảnh hưởng đến uy tín, xếp hạng tuân thủ và mức độ rủi ro thuế trong các kỳ sau.

Doanh nghiệp cũng cần lưu ý thời hạn lưu trữ chứng từ, sổ sách và dữ liệu kế toán theo pháp luật kế toán và thuế. Nếu không bảo đảm khả năng xuất trình tài liệu trong thời hạn kiểm tra, thanh tra, doanh nghiệp dễ rơi vào thế bất lợi trong quá trình chứng minh chi phí, doanh thu và tính hợp pháp của các khoản khấu trừ. Vì vậy, lưu trữ khoa học là một cấu phần của phòng ngừa rủi ro pháp lý.

Khuyến nghị tuân thủ cho doanh nghiệp

Doanh nghiệp nên xây dựng quy trình ứng phó kiểm tra, thanh tra thuế theo hướng chuẩn hóa, gồm phân công đầu mối, danh mục tài liệu, cơ chế rà soát nội bộ và quy trình phê duyệt giải trình. Việc chuẩn bị trước giúp giảm áp lực trong thời gian đoàn làm việc và hạn chế sai sót do cung cấp thông tin thiếu nhất quán. Đối với doanh nghiệp có giao dịch phức tạp, cần tăng cường đối chiếu giữa chính sách kế toán, hồ sơ thuế và hồ sơ pháp lý của từng giao dịch.

Ngoài ra, doanh nghiệp nên định kỳ đánh giá rủi ro thuế theo ngành nghề, địa bàn và mô hình giao dịch để chủ động khắc phục từ sớm. Cơ chế này đặc biệt cần thiết đối với doanh nghiệp có giao dịch liên kết, thương mại điện tử, xuất nhập khẩu hoặc các khoản chi phí lớn, biến động mạnh. Tuân thủ chủ động luôn có chi phí thấp hơn nhiều so với việc xử lý hậu quả sau thanh tra, kiểm tra.

Tài liệu tham khảo

• Luật Quản lý thuế 2019 số 38/2019/QH14.
• Nghị định 126/2020/NĐ-CP quy định chi tiết một số điều của Luật Quản lý thuế.
• Thông tư 80/2021/TT-BTC hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Quản lý thuế.
• Luật Kế toán 2015.
• Nghị định 125/2020/NĐ-CP về xử phạt vi phạm hành chính về thuế, hóa đơn.