Lưu trữ hồ sơ hải quan điện tử: doanh nghiệp cần giữ những chứng từ nào?

Khung pháp lý điều chỉnh việc lưu trữ hồ sơ hải quan điện tử

Người khai hải quan có nghĩa vụ lưu giữ hồ sơ hải quan đối với hàng hóa đã được thông quan trong thời hạn 05 năm kể từ ngày đăng ký tờ khai hải quan theo điểm đ khoản 2 Điều 18 Luật Hải quan 2014. Đây là mốc thời gian bắt buộc đối với việc bảo quản, xuất trình và chứng minh tính hợp lệ của toàn bộ hồ sơ liên quan đến lô hàng.

Về hình thức, chứng từ thuộc hồ sơ hải quan có thể là chứng từ giấy hoặc chứng từ điện tử; chứng từ điện tử phải bảo đảm tính toàn vẹn và khuôn dạng theo quy định của pháp luật về giao dịch điện tử theo khoản 2 Điều 18 Luật Hải quan 2014. Quy định này cho phép doanh nghiệp lưu trữ điện tử nhưng đồng thời đặt ra yêu cầu về khả năng truy xuất, đọc được và đối chiếu được khi cơ quan có thẩm quyền yêu cầu.

Chi tiết về thành phần hồ sơ hải quan điện tử và cách lưu giữ được hướng dẫn tại Thông tư 38/2015/TT-BTC, đã được sửa đổi, bổ sung bởi Thông tư 39/2018/TT-BTC. Theo đó, người khai hải quan phải lưu giữ bản chính các chứng từ thuộc hồ sơ hải quan trong thời hạn luật định, trừ trường hợp đã nộp bản chính cho cơ quan hải quan; đối với chứng từ điện tử thì phải lưu dưới dạng điện tử.

Doanh nghiệp cần giữ những chứng từ nào trong hồ sơ hải quan điện tử

Trước hết, hồ sơ hải quan điện tử luôn có tờ khai hải quan điện tử. Đây là tài liệu trung tâm, thể hiện nội dung khai báo về loại hình, mã hàng, trị giá, xuất xứ, thuế suất, chính sách mặt hàng và các chỉ tiêu kỹ thuật khác phục vụ quản lý hải quan. Tờ khai là căn cứ đối chiếu xuyên suốt khi cơ quan hải quan kiểm tra sau thông quan.

Tiếp theo là nhóm chứng từ phải nộp hoặc phải xuất trình theo quy định của pháp luật hải quan đối với từng loại hình, từng lô hàng. Nhóm này thường bao gồm hóa đơn thương mại, vận đơn hoặc chứng từ vận tải, giấy phép nhập khẩu hoặc xuất khẩu nếu hàng hóa thuộc diện quản lý chuyên ngành, chứng từ chứng nhận xuất xứ khi doanh nghiệp đề nghị hưởng ưu đãi thuế quan, và các giấy tờ khác mà cơ quan hải quan yêu cầu trong quá trình làm thủ tục. Chứng từ thuộc nhóm này có thể tồn tại dưới dạng giấy, điện tử, hoặc bản chuyển đổi theo quy định pháp luật.

Doanh nghiệp cũng phải lưu các chứng từ khác liên quan đến hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu trong thời hạn 05 năm theo Thông tư 38/2015/TT-BTC. Nhóm này bao gồm chứng từ vận tải đối với hàng hóa xuất khẩu, phiếu đóng gói, tài liệu kỹ thuật, và tài liệu liên quan đến định mức thực tế đối với hàng gia công, sản xuất xuất khẩu. Đây là các chứng từ thường bị bỏ sót nhưng lại có vai trò quyết định khi giải trình về mô tả hàng hóa, số lượng, quy cách, trị giá hoặc định mức sử dụng nguyên liệu.

Ngoài ra, đối với các lô hàng có yếu tố ưu đãi thuế, miễn thuế, hoàn thuế, không thu thuế, trị giá hải quan phức tạp hoặc chịu kiểm tra chuyên sâu, doanh nghiệp nên lưu đầy đủ toàn bộ bộ chứng từ nền của giao dịch. Thực tiễn tuân thủ cho thấy việc lưu thiếu một tài liệu phụ trợ vẫn có thể làm gián đoạn khả năng chứng minh tính hợp pháp của khai báo, dù tờ khai chính đã được thông quan.

Nguyên tắc lưu giữ bản chính, bản chụp và bản điện tử

Nguyên tắc quan trọng nhất là bản chính phải được lưu giữ đúng hình thức pháp luật cho phép. Nếu chứng từ gốc là chứng từ giấy nhưng đã nộp cho cơ quan hải quan thì doanh nghiệp phải lưu bản chụp; nếu là chứng từ điện tử thì phải lưu bản điện tử theo khoản 2 Điều 16a Thông tư 38/2015/TT-BTC, được sửa đổi, bổ sung. Cách lưu giữ này bảo đảm doanh nghiệp vẫn còn căn cứ hợp lệ để xuất trình khi phát sinh kiểm tra sau thông quan hoặc thanh tra.

Trường hợp chứng từ được chuyển đổi từ giấy sang điện tử hoặc ngược lại, doanh nghiệp phải bảo đảm khả năng đối chiếu nguồn gốc, tính xác thực và tính toàn vẹn của dữ liệu. Việc lưu trữ chỉ an toàn về mặt pháp lý khi hồ sơ cho phép truy vết được quá trình hình thành chứng từ, người lập, thời điểm lập, nội dung sửa đổi nếu có và trạng thái phê duyệt.

Đối với hồ sơ hải quan điện tử lưu trên hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan, giá trị pháp lý của hồ sơ được thừa nhận để thực hiện thủ tục hải quan và xử lý tranh chấp theo quy định của pháp luật hải quan. Tuy nhiên, doanh nghiệp vẫn phải tổ chức lưu bản nội bộ đầy đủ, không được mặc nhiên cho rằng dữ liệu trên hệ thống của cơ quan hải quan thay thế hoàn toàn nghĩa vụ lưu trữ của mình.

Những rủi ro pháp lý nếu doanh nghiệp lưu thiếu chứng từ

Lưu thiếu chứng từ thường dẫn đến nguy cơ không chứng minh được nội dung khai báo, từ đó làm phát sinh nghi ngờ về mã HS, trị giá, xuất xứ hoặc điều kiện hưởng ưu đãi. Khi bị kiểm tra sau thông quan, doanh nghiệp có thể rơi vào tình trạng không đủ tài liệu để bảo vệ tính đúng đắn của hồ sơ đã khai.

Rủi ro còn nằm ở việc không đáp ứng được thời hạn lưu giữ 05 năm theo Luật Hải quan 2014. Nếu không còn chứng từ nền, doanh nghiệp có thể gặp bất lợi trong tranh chấp thuế, hoàn thuế, miễn giảm thuế hoặc xử lý vi phạm hành chính liên quan đến hồ sơ hải quan.

Với các doanh nghiệp ủy quyền cho đại lý làm thủ tục hải quan, cần phân biệt rõ trách nhiệm lưu giữ. Trường hợp người khai hải quan là đại lý làm thủ tục hải quan, chủ hàng vẫn là chủ thể phải lưu giữ chứng từ thuộc hồ sơ hải quan theo quy định của Thông tư 38/2015/TT-BTC; vì vậy, doanh nghiệp không thể giao toàn bộ nghĩa vụ lưu trữ cho đại lý.

Khuyến nghị tổ chức lưu trữ trong doanh nghiệp

Doanh nghiệp nên xây dựng danh mục hồ sơ chuẩn cho từng loại hình xuất nhập khẩu, trong đó tách rõ nhóm chứng từ bắt buộc, nhóm chứng từ hỗ trợ và nhóm chứng từ nội bộ. Mỗi bộ hồ sơ cần gắn mã lô hàng, mã tờ khai, thời điểm đăng ký và thời hạn hết hiệu lực lưu trữ để tránh thất lạc.

Hệ thống lưu trữ điện tử nên bảo đảm sao lưu định kỳ, phân quyền truy cập, nhật ký chỉnh sửa và khả năng trích xuất khi cơ quan nhà nước yêu cầu. Đối với chứng từ giấy, cần số hóa kèm đối chiếu bản gốc và lưu tại kho hồ sơ có kiểm soát.

Với hồ sơ có giá trị thuế lớn hoặc hàng hóa thuộc diện quản lý chuyên ngành, doanh nghiệp nên duy trì cơ chế rà soát nội bộ trước khi khóa hồ sơ. Cách làm này giảm đáng kể nguy cơ thiếu tài liệu nền khi cơ quan hải quan kiểm tra nhiều năm sau thời điểm thông quan.

Kết luận

Lưu trữ hồ sơ hải quan điện tử không chỉ là việc giữ lại tờ khai, mà là nghĩa vụ bảo quản đầy đủ toàn bộ chứng từ cấu thành và chứng từ liên quan đến lô hàng trong thời hạn 05 năm. Doanh nghiệp cần lưu tối thiểu tờ khai hải quan điện tử, các chứng từ phải nộp hoặc xuất trình, và các tài liệu hỗ trợ như vận đơn, phiếu đóng gói, tài liệu kỹ thuật, định mức gia công, sản xuất xuất khẩu khi có phát sinh. Tuân thủ đúng quy định về hình thức lưu giữ và trách nhiệm lưu trữ là điều kiện then chốt để bảo vệ tính hợp pháp của hoạt động xuất nhập khẩu.

Tài liệu tham khảo

• Luật Hải quan 2014.
• Nghị định 08/2015/NĐ-CP quy định chi tiết và biện pháp thi hành Luật Hải quan.
• Thông tư 38/2015/TT-BTC về thủ tục hải quan, kiểm tra, giám sát, kiểm soát hải quan.
• Thông tư 39/2018/TT-BTC sửa đổi, bổ sung một số điều của Thông tư 38/2015/TT-BTC.
• Luật Giao dịch điện tử 2023.